Τον 19ο αιώνα, η αυξανόμενη χρήση σιδήρου στην κατασκευή πλοίων άρχισε να επηρεάζει την ακρίβεια των μαγνητικών πυξίδων, καθώς η δημιουργία μαγνητικών πεδίων στα πλοία έκανε τις βελόνες να αποκλίνουν από την κατεύθυνση του Βορρά κατά τρόπο απρόβλεπτο. Για να αντιμετωπίσει αυτό το νέο πρόβλημα ο Σκωτσέζος φυσικομαθηματικός Σερ Γουίλιαμ Τόμσον (Sir William Thomson, 1824-1907) σχεδίασε την Πυξιδοθήκη (Binnacle). Αυτή περιλάμβανε εσωτερικά της διορθωτικούς μαγνήτες και εξωτερικά της 2 σφαίρες από μαλακό σίδηρο (πράσινη δεξιά και κόκκινη αριστερά) για να αντισταθμίζουν την επιρροή των μετάλλων του πλοίου. Η πυξίδα πλέον δεν ήταν μια απλή βελόνα αλλά ένας ελαφρύς κυκλικός βαθμονομημένος ανά μοίρα δίσκος μέσα σε δοχείο με υγρό, στηριγμένο σε ένα σύστημα ανάρτησης 3 αξόνων ώστε ο δίσκος να μένει πάντα οριζόντιος χωρίς να επηρεάζεται από τις κινήσεις του πλοίου.

Οι πυξιδοθήκες έχουν επίσης στην κορυφή τους ένα περιστρεφόμενο σκίαστρο από μπρούτζο (μη μαγνητικό υλικό) ώστε να είναι καλύτερα ορατός ο ενδείκτης τους. Η βάση τους είναι ξύλινη, ώστε να μην δημιουργεί μαγνητισμό.

Παρά την απόλυτη επικράτηση πλέον των ακριβέστερων γυροσκοπικών πυξίδων, οι μαγνητικές πυξίδες παραμένουν απαραίτητος εξοπλισμός ανάγκης για τα σύγχρονα πλοία.